Formål 
So far, no clinical tool is available to assess the complexity of processes responsible for progression in MS. Our translational omics approach aims to develop a protein-based CSF assay, similar to omics-based diagnostic signatures in cancer, and also identify potential novel treatment targets. Analysis of omics pathways may provide data for future in vitro studies and create PhD projects.

The primary aim of the project is establishing novel CSF biomarkers of demyelination, remyelination (Part A), and axonal/neuronal degeneration and inflammation by using translational omics approaches (Part B). 
The ultimate goal is to develop a protein-based diagnostic assay for progressive MS, and identify novel pathways/molecules for treating SPMS (Fig 2)

Kort beskrivelse af projektet
Dette studie er en fortsættelse af et støttet projekt. Vores translationelle tilgang kombinerer omics mhp. banebrydende biomarkør opdagelse. Vha. data fra 3 parallelle undersøgelser fokuseres på at udvikle et CSV-proteomics-baseret diagnostisk assay for progressiv MS samt at identificere nye veje og molekyler til behandling af SPMS. A) Vi har tidligere sammenlignet transkriptomet fra de- og remyeliniserende eksperimentelle hjernelæsioner med (i) inflammatoriske læsioner i forsøgsmodeller, (ii) MS læsioner og (iii) gener med forøget risiko for MS. Vi fandt 133 humane homologe MS gener associeret med de- og remyelinisering. Pathway analyser antyder aktivering af immunregulerende mekanismer ifm. den tidlige remyelinisering. Dernæst har vi udført analyse af det fulde proteom i CSV fra 6 poolede MS patienter, og identificeret 17 proteiner af de 133 de- og remyeliniserings-relaterede gener. Analyse af yderligere 107 poolede MS-prøver er i gang mhp. at identificere yderligere proteiner. Vi har etableret metoder til målrettet kvantitativ proteomics, og vil undersøge de fundne proteiner i individuelle CSV prøver fra patienter med progressiv MS (n=63) og ubehandlede attakvis MS (n=44). Vha. bioinformatik, vil vi bestemme kombinationer af de- og remyelinisering-relaterede proteiner mest karakteristiske for de enkelte MS undertyper. B) De samme prøver vil blive analyseret vha. kvantitativ og post-translationel proteomics (PTMome) og sammenlignet med Alzheimers sygdom for at identificere neurodegeneration-relaterede proteiner. C) Vi har allerede undersøgt proteomet og PTMomet fra de- og remyeliniserende eksperimentelle hjernelæsioner, og kvantitative data er indsamlet for over 4000 forskellige proteiner. Videre analyse er i gang, og de udvalgte proteiner vil blive undersøgt i de samme CSV prøver. Data herfra vil blive kombineret (A,B,C) og korreleret mhp. udvikling af et diagnostisk assay.

Links til publicerede artikler

Omics-Based Approach Reveals Complement-Mediated Inflammation in Chronic Lymphocytic Inflammation With Pontine Perivascular Enhancement Responsive to Steroids (CLIPPERS)

Orthologous proteins of experimental de- and remyelination are differentially regulated in the CSF proteome of multiple sclerosis subtypes

Long-term structural retinal changes in patients with optic neuritis related to multiple sclerosis