Viral gene activation and epigenetic control in the brain of patients with Multiple Sclerosis

Kort beskrivelse af projektet
Det er velkendt, at nedarvet, genetisk materiale fra vira forbliver i hjernen. Desuden ses erhvervet genetiske materiale fra virusinfektioner. Vores hypotese er, at viralt genetiske materiale bliver aktiveret og kan ændre den genetiske kontrol af humane gener i MS hjernen. Dette resulterer i unormal genaktivering og livslang inflammation.

 Vi har vha. histologi udvalgt 100 hjerneområder fra MS-patienter og kontroller i samarbejde med den britiske MS Tissue Bank. De udvalgte 75 hjerneprøver fra MS-patienter repræsenterer det fulde spektrum af læsioner (normalt udseende, aktiv, kronisk aktiv, inaktiv, regeneration). Vi har allerede isoleret det genetiske materiale (RNA og DNA) fra disse væv, og vil nu undersøge de aktiverede gener (transkriptom) og deres kontrolmekanisme (DNA methylering) i MS-prøver og kontroller. Dermed kan de genetiske og kontrol-mekanistiske karakteristika for MS-læsionernes udviklingsstadier fastlægges. Vi vil undersøge virus aktivering ved at screene disse genetiske karakteristika for integreret viralt genetisk materiale, både nedarvet og erhvervet. Vi vil bruge ny bioinformatics til at opdage low-abundance viralt genetisk materiale. Endelig vil vi undersøge, om integrationen af det virale genetiske materiale kan ændre kontrollen af aktivering af nabo-gener eller forstyrre genetiske områder af betydning i kontrollen af genaktivering.

Vi ansøger om et års omkostninger ved at bestemme de genetiske karakteristika for MS læsionernes udviklingsstadier (RNA-sekventering), og til undersøgelse for integrerede nedarvede og erhvervede virale genetiske materialer ved bioinformatics. Analyse af de 75 MS hjernelæsioner i kombination med banebrydende molekylære og bioinformatiske metoder kan give radikal ny indsigt i MS-patogenesen.